제조업 세무조사, 불안하다면? 기장대리가 필수인 3가지 이유

 

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"세무사님, 제가 요즘 고민이 하나 있어요. 회계 프로그램으로 직접 장부를 정리하고 있는데, 최근 들어 너무 불안합니다."

얼마 전 상담을 요청하신 한 제조업 대표님의 말씀입니다. 다른 사장님들 모임에 나가면 항상 나오는 이야기가 세무조사 나왔다더라, 벌금 맞았다더라 하는 무서운 이야기뿐이라며 밤잠을 설치신다고 하셨습니다.

특히 제조업은 원가 계산이 정말 복잡합니다. 단가 하나만 잘못 입력해도 전체 재무제표가 틀어지는 일이 다반사입니다. 실제로 몇 달 전에도 아찔한 실수가 있어 식은땀을 흘리셨다고 해요.

혹시 이런 실수들이 쌓이면 나중에 큰 문제로 번질 수 있을까요? 전문가가 관리하면 그런 부분까지 잡아낼 수 있을까요?

비용이 조금 들더라도 나중에 감당 못 할 일이 생기는 것보다는 낫다는 생각, 한 번쯤 해보셨을 겁니다. 오늘은 제조업 대표님들이 가장 두려워하는 세무조사 리스크를 줄이기 위해 왜 전문적인 기장대리가 필요한지 3가지 핵심 이유로 정리해 드립니다.

끝까지 읽어보시고 우리 회사의 세무 안전장치를 점검해 보시길 바랍니다. 도움이 되신다면 구독과 좋아요 부탁드립니다.

제조업 원가는 반드시 전문가 점검이 필요합니다

제조업 세무조사에서 가장 빈번하게 문제가 되는 부분은 바로 재고자산과 원가 계산입니다. 일반 도소매업과 달리 제조업은 원재료, 노무비, 경비가 복합적으로 섞여 제품의 가격을 형성하기 때문입니다.

실제 사례를 들어보겠습니다. 충남 아산에 소재한 금속부품 제조업체의 이야기입니다. 이 업체는 회계 프로그램에 자재 단가를 고정 값으로 입력해 두고 사용했습니다. 그런데 원자재 가격이 상승했음에도 불구하고 이를 장부에 반영하지 않았습니다.

그 결과 어떤 일이 벌어졌을까요?

자재비 인상분이 반영되지 않으니 장부상으로는 비용이 적게 들어간 것으로 처리되었고, 결과적으로 이익이 실제보다 훨씬 크게 계산되었습니다. 이로 인해 과세표준이 증가하여 법인세를 약 1,700만 원이나 더 납부하게 되었습니다.

만약 전문가가 기장을 맡았다면 상황은 달랐을 것입니다. 재고자산 단가 변동 내역을 추적하고, 제조원가 명세서의 오류를 사전에 검토했을 테니까요. 법인세법 시행령 제74조 재고자산의 평가 규정을 준수하며 절세 포인트를 찾았을 것입니다.

내부 장부와 신고 자료의 불일치는 위험 신호입니다

국세청이 세무조사 대상을 선정할 때 중요하게 보는 지표 중 하나가 바로 데이터의 정합성입니다. 즉, 회사가 내부적으로 관리하는 장부와 국세청에 신고한 자료가 일치하는지 보는 것입니다.

경기 시흥의 자동차 부품 업체 사례를 보겠습니다. 내부 직원이 장부를 작성하고 외부 세무대리인이 신고를 대행하는 구조였는데, 서로 소통이 부족하여 재고 정리 기준이 달랐습니다.

결국 국세청으로부터 소명 요구 압박을 받게 되었고, 3년 치 소급 조사를 통해 약 3천만 원의 추징세액이 부과되었습니다. 나는 정상적으로 사업했다고 생각했지만, 자료상으로는 탈세처럼 보였기 때문입니다.

자가 기장과 전문 기장대리의 차이점을 표로 정리해 보았습니다.

구분	자가 기장 (내부 관리)	전문 기장대리
장부 작성 주체	대표자 또는 비전문 직원	세무 전문가
원가 계산 정확도	단가 변동, 간접비 배분 누락 가능성 높음	제조원가 명세서 정밀 검토 및 배분
세무 리스크	신고서와 장부 불일치 시 소명 어려움	데이터 정합성 유지 및 사전 소명 준비
세무조사 대응	조사 발생 시 대응 논리 부족	납세자보호담당관 제도 활용 등 체계적 대응
주요 목적	단순 기록 및 비용 절감	절세 전략 수립 및 리스크 예방

기장대리를 맡기면 회계와 신고서 간의 데이터 정합성을 정기적으로 점검합니다. 세무조정계산서와 재무제표 간의 불일치를 사전에 조율하여 불필요한 세무조사 위험을 원천 차단하는 것이 핵심입니다.

사업장의 정보는 이미 실시간으로 수집되고 있습니다

많은 대표님들이 간과하시는 부분이 있습니다. 바로 국세청의 정보 수집 능력입니다.

카드 매출, 전자세금계산서, 현금영수증, 심지어 POS 시스템의 데이터까지 국세청은 사업장의 거의 모든 거래 흐름을 자동으로 수집하고 있습니다. 이를 PCI(소득-지출 분석) 시스템 등을 통해 분석하면 매출 누락이나 가공 경비 계상이 금방 드러납니다.

수집된 자료와 국세청에 신고한 내역이 다르다면 세무당국은 즉시 확인이 가능합니다. 특히 제조업처럼 거래 구조가 복잡하고 특수관계인 간의 거래가 빈번한 경우, 정확한 기장 시스템 없이는 이러한 전산 분석에 대응하기가 점점 더 어려워집니다.

기장대리는 단순히 영수증을 모아 기록해 주는 일이 아닙니다. 국세청 시스템에 기반하여 법 기준에 맞게 데이터를 정리하고, 만약의 사태에 바로 대응할 수 있도록 관리 체계를 세우는 경영 전략의 일부입니다.

 

결론

장부 하나가 대표님의 불안을 만들고 있다면, 이제는 시스템을 바꾸셔야 할 때입니다.

대표님, 혹시 지금 쓰고 계신 장부는 내부용이라고 생각하시나요? 아닙니다. 그 장부는 세무서가 보는 공식 자료가 됩니다. 그리고 그 자료는 이미 국세청 시스템에 실시간으로 수집되고 있습니다.

작은 입력 오류, 단가 착오, 원가 누락이 나중에는 심각한 오류가 되어 세무조사라는 부메랑으로 돌아올 수 있습니다. 지금 이 순간도 그 숫자는 언제든 조사 대상이 될 수 있는 상태로 기록되고 있는 셈입니다.

전문적인 기장대리를 통해 숫자를 넘어서 사업의 흐름을 해석하고, 세무 리스크로부터 안전한 경영 환경을 만드시길 바랍니다.

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